L’episodio punta ad introdurre i protagonisti, Michael e Lincoln, e a dare primi accenni al piano di fuga di Michael che caratterizzerà la prima stagione della serie. Michael Scofield, un brillante ingegnere edile, è un uomo disperato in una situazione altrettanto disperata: suo fratello, Lincoln Burrows, è stato condannato a morte per l’omicidio del fratello della Vicepresidente degli Stati Uniti e, rinchiuso nel Fox River State Penitentiary, attende rassegnato il giorno dell’esecuzione. Nonostante le prove schiaccianti, Michael è fortemente convinto dell’innocenza di Lincoln. Non avendo altre possibilità ed avvicinandosi il giorno dell’esecuzione, inscena una rapina in una banca di Chicago col solo scopo di farsi incarcerare nella stessa prigione del fratello e farlo evadere. Michael ha infatti partecipato con la sua società, attraverso un sub-appalto, alla ristrutturazione dell’edificio avvenuta solo pochi anni prima e perciò possiede le mappe con la pianta della prigione. Il possesso delle mappe è però soltanto il primo tassello di un complesso puzzle per arrivare alla fuga dal carcere. Giunto al Fox River, Michael è costretto a confrontarsi non soltanto con gli altri detenuti, ma anche con le guardie capitanate da Brad Bellick. Per mettere in atto il suo piano dovrà stringere accordi con i suoi compagni di penitenziario, a cominciare dal mafioso John Abruzzi, capo delle P.I., le Prison Industries. Nel frattempo, all’esterno della prigione, viene ucciso il vescovo MacMorrow, da sempre fermo oppositore della pena capitale che si era interessato al caso Burrows (benché ciò non risulti direttamente dalla scena, l’omicida del vescovo è presumibilmente l’agente Paul Kellerman, che nel seguito del telefilm diventerà un vero e proprio personaggio-chiave). È a questo punto che l’ex fidanzata di Lincoln, l’avvocato Veronica Donovan, comincia a nutrire dei dubbi sulla colpevolezza dell’uomo e inizia ad indagare.