Bellick si reca nell’ufficio di Mahone per chiedergli il compenso per la cattura di Haywire ma l’uomo gli impone di andare alla ricerca anche di Sucre. Dopo aver ascoltato il nastro, Michael, Lincoln e Sara discutono sul da farsi: Lincoln propone di contattare Jane Phillips, la donna che lavorava col padre e che al momento si sta occupando di LJ, per farsi dare un nome di una persona non corrotta che potrebbe aiutarli. Kellerman acquista da un uomo un fucile di precisione ma per evitare problemi si sbarazza subito del venditore. C-Note, in cambio del rilascio della moglie e delle cure mediche per Dede, promette a Mahone che lo porterà da Michael. Per questo motivo lascia diversi messaggi sul sito www.europeangoldfinch.net, nominato da Michael durante la ricerca del denaro di Westmoreland. Lincoln contatta al telefono LJ che gli esterna il desiderio di continuare a condurre una vita normale, come quella che sta facendo al momento sotto falso nome. T-Bag si reca presso uno psichiatra per parlargli dei suoi tormenti, ma le sue vere intenzioni sono altre: il dottore infatti somiglia all’uomo e T-Bag lo uccide per rubargli l’identità e recarsi a Bangkok, dove potrebbe ottenere una mano umana da potersi far impiantare. Michael e Lincoln decidono di consegnare la registrazione ad un certo Cooper Green, un procuratore generale, amico del padre consigliato da Jane. Chiamano quindi il suo ufficio dove attraverso la segretaria riescono a mettersi in contatto con lui e a stabilire un appuntamento. Sara si reca presso la tomba del padre e qui incontra Bruce, l’ex-collaboratore del padre; la ragazza continua a non fidarsi dell’uomo e a ritenerlo complice della Compagnia, ancora scossa credendolo il mandante della sua, fallita, esecuzione ad un telefono pubblico. Bellick si reca presso il Fox River dove ottiene informazioni su Sucre dal cugino Manche a cui promette il trasferimento ad un carcere di minima sicurezza. Sucre e Maricruz sono intanto arrivati presso la casa della zia dove vengono accolti con grande ospitalità. Lincoln sottopone Cooper Green a un lungo ed estenuante percorso nel parco ed alla fine lo fa incontrare con Michael. Mr Kim ordina a Mahone di recarsi presso l’Ebert Park perché lì Michael e Lincoln hanno fissato un appuntamento con Cooper Green; Kim, vista la imminente cattura dei fratelli, gli ordina inoltre di sbarazzarsi di C-Note. Mahone allora ribadisce all’ex-fuggitivo che aiuterà la sua famiglia ma in cambio dovrà utilizzare il contenuto di un pacco che gli arriverà l’indomani nella sua cella. Sara si reca insieme a Bruce nell’ufficio di Green ma scopre con stupore che l’uomo non ha preso nessun appuntamento con i due fratelli; Telefona quindi immediatamente a Lincoln e lo avverte che l’uomo che ha incontrato Michael è sicuramente un impostore; L’uomo corre immediatamente dal fratello ma Michael ha intuito che l’uomo non è il vero Cooper Green e dopo averlo stordito fuggono dal parco insieme. Kellerman si reca nell’ospedale dove lavora la sorella che non vedeva da molti anni: le dice che le vuole bene e che si renderà presto colpevole di un’azione da molti ritenuta orribile. Bellick prende un aereo diretto in Messico e, casualmente, sullo stesso volo si trova anche T-Bag che, per recarsi a Bangkok il prima possibile, ha preso il volo rallentato dai molti scali intermedi. Michael e Lincoln, tornati in hotel, ricevono la visita del vero Cooper Green che, dopo aver ascoltato la registrazione e tentato di copiarla su un altro supporto magnetico, afferma che non può essere considerata una prova perché priva del marchio temporale originale ma, visto il contenuto incriminante, potrà essere usata per ricattare la Reynolds. Mahone, arrivato al parco, comprende che il luogo in cui sono i due fratelli è un hotel poco distante e, dopo una discussione con Kim realizza dell’innocenza di Lincoln. Subito si dirige là e riceve la conferma che Sara si è registrata presso una stanza. Kellerman si reca col suo fucile di precisione presso il luogo in cui di lì a poco il Presidente terrà un discorso. C-Note, dopo aver chiesto alla moglie di perdonarlo, decide di utilizzare il cappio che gli è stato recapitato e si impicca nella sua cella.