Lincoln riceve un messaggio da Michael il quale gli dice di cercare lo Sceicco della Luce. Sheba, il contatto, accetta di aiutarlo a decifrare il codice in cambio di denaro. Sara investiga sulla resurrezione di Michael dirigendosi al dipartimento di Stato, dove incontra Paul Kellerman, il quale le mostra un video in cui il suo ex marito uccide un ufficiale della CIA, ricordandole come Michael fosse geniale nel cambiare la sua identità. Michael rimedia delle pillole per il suo compagno di cella, Ja, in cambio di un telefono e di una carta di credito, usandoli per mandare un messaggio a Sara. Il team di Lincoln scopre che lo Sceicco della Luce è Mohammad El-Tuniis, un ingegnere elettronico locale intrappolato nei sobborghi controllati dall’ISIL insieme alle sue figlie. Riescono a liberarlo e Mohammad rivela di essere il padre di Sid, il compagno di cella di Michael, incarcerato per la sua omosessualità. Mohammad dà al team di Michael il segnale che rivela che il piano di fuga è di nuovo attivo. Sara riceve il messaggio di Michael nel quale le viene detto di mettere tutti in salvo perché una tempesta sta arrivando. I prigionieri in isolamento, compreso Abu Ramal, il leader dell’ISIS, vengono rilasciati insieme ai detenuti comuni: Michael e Ramal si rivelano due grandi amici.